Cửa sông Columbia chỉ băng ngay qua Astoria, Oregon; tàu thuyền phải lưu thông qua Cồn cát Columbia hiểm trở (gần đường chân trời, không thấy trong hình này) để ra vào sông.Essayons, một tàu nạo vét luồng sông của Công binh Lục quân Hoa Kỳ hiện thời đang được sử dụng trên sông Columbia[23]

Thuyền trưởng Mỹ Robert Gray là người tây phương đầu tiên thành công vượt qua Cồn cát Columbia và đi vào sông trong chuyến hành trình của ông năm 1792. Theo sau ông ít lâu là Đại tá hải quân Anh George Vancouver, người đã thám hiểm con sông lên tận nơi hợp lưu với sông Sandy; hai sự kiện này rất nổi bật trong việc tuyên bố chủ quyền của cả Vương quốc Anh và Hoa Kỳ đối với Xứ Oregon.

Việc sử dụng tàu hơi nước bắt đầu vào năm 1850,[24] đã góp phần vào việc định cư nhanh và phát triển kinh tế vùng này.[25][26] Tàu hơi nước hoạt động tại một số nơi: trên những vùng thấp của con sông từ Thái Bình Dương đến ghềnh thác Cascades, từ dãy núi Cascade đến thác Celilo, và từ Celilo đến nơi hợp lưu với sông Snake; trên vùng Wenatchee phía đông của tiểu bang Washington; trên các hồ Arrow của tỉnh bang British Columbia; và trên các sông nhánh như sông Willamette và sông Snake. Tàu thuyền, ban đầu chạy bằng củi đốt, chở cả người và hàng hóa khắp vùng trong nhiều năm. Các tuyến xe lửa phục vụ nối liền các thủy lộ nơi mà tàu hơi nước không chạy được vì thác nước ngăn cách trên những vùng phía dưới thấp của con sông.[27] Trong thập niên 1880, các tuyến xe lửa của các công ty như Công ty Thủy lộ và Đường sắt Oregon (Oregon Railroad and Navigation Company) và Công ty Vận tải Shaver bắt đầu cung cấp thêm dịch vụ tàu hơi nước như các kết nối giao thông chính dọc theo con sông.[27]

Việc cải biến sông Columbia nhằm làm cho giao thông đường thủy dễ dàng hơn đã được tiên liệu vào đầu năm 1881,[24] và tiếp tục đến ngày nay. Cồn cát Columbia, một bãi cát luôn thay đổi ở cửa sông làm cho lưu thông giữa sông và Thái Bình Dương khó khăn và nguy hiểm. Thêm vào đó có vô số các ghềnh thác dọc con sông làm cho việc đi lại bằng đường thủy trên sông gặp nhiều trắc trở. Việc biến đổi con sông đã bao gồm việc xây dựng các vách ngăn hay đê chắn sóng để giữ cho lòng sông không bị dịch chuyển theo thời gian ở tại cửa sông, nạo vét lòng sông, và xây dựng các kênh và âu thuyền.

Các vách ngăn và đê chắn sóng đầu tiên được xây vào năm 1886 [24] đã nới rộng thủy lộ của con sông vào trong đại dương. Dòng chảy và các bãi cát đang dịch chuyển phía bên dưới mặt nước vẫn là một mối đe dọa đối với tàu thuyền đi vào sông vì thế các vách chắn và đê chắn sóng luôn được bảo trì. Ngày nay, các tàu chở hàng đại dương có thể chạy xa lên thượng nguồn đến Portland và Vancouver, và các xà lan có thể đi vào sâu nội địa tới tận Lewiston, Idaho và Đông Washington.[28]

Các âu thuyền được xây đầu tiên vào năm 1896 quanh Ghềnh thác Cascade,[29] giúp tàu thuyền đi an toàn qua hẻm núi sông Columbia.[30] Kênh Celilo đi ngang qua Thác Celilo được mở cho lưu thông vào năm 1915.[31]

Năm 1891, sông Columbia được nạo vét luồng để gia tăng việc chở hàng hóa; luồng sông giữa đại dương và Portland/Vancouver được vét sâu từ 5,2 mét (17 ft) đến 7,6 mét (25 ft). Nhật báo The Columbian đã kêu gọi vét sâu lòng sông đến 12,2 mét (40 ft) vào đầu năm 1905 nhưng độ sâu đó không đạt được cho đến năm 1976.[32]

Trong giữa thế kỷ 20, việc xây dựng các con đập đã nhận chìm các thác nước gần một loạt các hồ chứa nước, và các âu thuyền đã cho phép các con tàu và xà lan đi qua dễ dàng từ hồ chứa nước này sang hồ chứa nước khác. Một kênh lưu thông chạy dài tới Lewiston, Idaho dọc theo sông Columbia và sông Snake được hoàn thành năm 1975.[24]

Sự kiện Núi lửa St. Helens phun vào năm 1980 đã gây ra các vụ đất lở trong khu vực làm giảm độ sâu của sông Columbia xuống còn 7,6 mét (25 ft) trong một đoạn dài 6,5 km (4 dặm) khiến làm ngưng trệ nền kinh tế của Portland.[33]

Năm 1999, Quốc hội Hoa Kỳ cho phép nạo vét phần hạ lưu sông Columbia giữa Portland và Astoria từ 12 đến 13 mét (40–43 ft). Độ sâu 13 mét sẽ giúp cho các tàu thuyền vận tải lớn hay tàu chở ngũ cốc có thể tới Portland và Vancouver.[34]

Tuy nhiên dự án này bị chống đối vì quan ngại rằng nó sẽ khuấy động các chất cặn bã độc hại nằm dưới lòng sông. Nhóm hoạt động môi trường Tây Bắc có trụ sở ở Portland đã nộp đơn kiện chống Công binh Lục quân Hoa Kỳ nhưng đã bị tòa Phúc thẩm Hoa Kỳ bác bỏ đơn kiện vào tháng 8 năm 2006.[35]

Dự án bao gồm nhiều biện pháp giảm bớt hư hại môi trường; thí dụ, cứ mỗi 4.000 m² (1 mẫu Anh) đất ngập nước bị hư hại bởi kế hoạch này thì Công binh Lục quân Hoa Kỳ phải tái tạo 49.000 m² (12 mẫu Anh) vùng đất ngập nước.[34] Vào đầu năm 2006, Công binh Lục quân Hoa Kỳ đã làm đổ khoảng 189 L (50 gallon) dầu máy thủy lực xuống sông Columbia tạo ra nhiều lời chỉ trích từ các tổ chức môi trường.[36]

Các cuộc nghiên cứu cho dự án này đã được tiến hành từ đầu năm 1990, và gây nhiều tranh cãi từ lúc khởi sự.[37] Sau khi được chấp thuận vào năm 1999, việc thực hiện bắt đầu vào năm 2005, và hy vọng sẽ hoàn thành vào năm 2010. Chi phí của dự án được ước tính vào khoảng 150 triệu đô la. Chính phủ liên bang đóng góp 65%, Oregon và Washington mỗi tiểu bang đóng góp 27 triệu, và sáu cảng địa phương cũng tham gia đóng góp chi phí.[34][38]